Theo quyết định xử phạt, cơ quan thuế đã tiến hành kiểm tra nghĩa vụ thuế của Traphaco trong hai năm tài chính nói trên. Qua kiểm tra, doanh nghiệp bị truy thu các khoản gồm thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân cùng tiền chậm nộp. Tổng cộng số tiền phạt và truy thu lên tới gần 3,3 tỷ đồng.
Về nguyên nhân, phía Traphaco cho biết việc kê khai chưa chính xác dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp. Doanh nghiệp khẳng định đây là lỗi thường gặp, không mang tính chất cố ý mà xuất phát từ nhầm lẫn số học hoặc sai sót trong quá trình tổng hợp số liệu.
Công ty Cổ phần Traphaco hiện đặt trụ sở tại số 75 phố Yên Ninh, phường Ba Đình, Hà Nội và là một trong những doanh nghiệp lớn hoạt động trong lĩnh vực dược phẩm tại Việt Nam. Công ty có vốn điều lệ 415 tỷ đồng. Cơ cấu cổ đông ghi nhận Tổng công ty Đầu tư kinh doanh vốn Nhà nước nắm giữ 35,67% vốn, trong khi tỷ lệ sở hữu nước ngoài chiếm 46,36%, bao gồm các cổ đông như Magbi Fund Limited và Super Delta Pte. Ltd..
