Theo Kết luận thanh tra số 648/KLTT-TTCP, từ năm 2023 đến hết tháng 3/2026, Phú Minh Vina báo cáo đã tiếp nhận, xử lý khoảng 199.294,7 tấn chất thải các loại. Riêng chất thải nguy hại lên tới hơn 86.544 tấn, chiếm khoảng 43,4%. Tổng doanh thu giai đoạn 2023-2025 đạt khoảng 584,7 tỷ đồng.
Tuy nhiên, quá trình thanh tra đã phát hiện hàng loạt vấn đề trong hoạt động thu gom, vận chuyển và xử lý chất thải.
Đáng chú ý, Phú Minh Vina ký hợp đồng thuê Công ty Đức Minh Khôi vận chuyển chất thải. Tính đến ngày 28/6/2026, đơn vị này đã thực hiện 533 chuyến xe, đưa khoảng 12.318 tấn chất thải từ nhà máy của Phú Minh Vina đi đổ trái phép tại một số địa điểm ở Hà Nội và Phú Thọ.
Chưa dừng lại ở đó, từ năm 2023 đến ngày 25/6/2026, Phú Minh Vina còn chuyển giao khoảng 10.582,8 tấn chất thải cho Công ty Cổ phần Xử lý chất thải Phú Thọ. Kết quả thanh tra cho thấy lượng chất thải này chủ yếu được vận chuyển từ khu vực chứa chất thải nguy hại của nhà máy đến bãi rác của Xí nghiệp xử lý chất thải Trạm Thản. Kết quả phân tích mẫu tại ô chôn lấp ghi nhận chỉ tiêu tổng dầu mỡ khoáng vượt ngưỡng chất thải nguy hại theo quy chuẩn.
Một con số khác cũng gây chú ý: từ ngày 8/1/2025 đến 26/6/2026, khoảng 118,2 tấn chất thải nguy hại được xác định đã bị vận chuyển ra môi trường không đúng quy định.
Ngoài ra, một phương tiện khác đã vận chuyển khoảng 1.041,8 tấn chất thải tiếp nhận từ 57 chủ nguồn thải nhưng không đưa về Nhà máy Phú Minh Vina để xử lý theo quy định. Trong lượng chất thải này có khoảng 573,1 tấn chất thải nguy hại.
Tổng cộng hai nhóm lên tới khoảng 1.160 tấn chất thải, trong đó có 691,3 tấn chất thải nguy hại.
Không chỉ có vấn đề về môi trường, hoạt động kế toán của doanh nghiệp cũng xuất hiện những con số đáng chú ý.
Tại thời điểm kiểm tra ngày 6/7/2026, Thanh tra Chính phủ phát hiện Phú Minh Vina sử dụng đồng thời 2 phần mềm kế toán. Phần mềm MISA được dùng để ghi sổ, lập báo cáo tài chính và kê khai thuế với cơ quan Nhà nước, trong khi Dtech được sử dụng để hạch toán kết quả hoạt động kinh doanh thực tế khác với MISA.
Qua kiểm tra, hơn 8,446 tỷ đồng tiền mặt được xác định đã bị bỏ ngoài sổ kế toán trên phần mềm MISA.
Từ những kết quả trên, Thanh tra Chính phủ xác định 4 nhóm hành vi có dấu hiệu liên quan đến các tội gây ô nhiễm môi trường, vi phạm quy định về quản lý chất thải nguy hại, vi phạm quy định về kế toán và trốn thuế. Hồ sơ, tài liệu liên quan đã được chuyển tới cơ quan điều tra có thẩm quyền để xem xét, xử lý theo quy định.
Ngoài các nội dung có dấu hiệu hình sự, Phú Minh Vina còn bị chỉ ra nhiều vi phạm hành chính như tiếp nhận, xử lý vượt công suất được cấp phép hơn 31.215 tấn, vận hành lò đốt chất thải nguy hại ngoài danh mục được cấp phép và báo cáo chênh lệch hơn 35.211 tấn chất thải nguy hại trong 3 năm.
Thanh tra Chính phủ đã chuyển hồ sơ vi phạm hành chính đến Chủ tịch UBND tỉnh Phú Thọ để xem xét xử lý. Các biện pháp được kiến nghị gồm phạt tiền, đình chỉ hoạt động xử lý chất thải rắn thông thường và tước quyền sử dụng giấy phép môi trường từ 6-9 tháng.
